这一次，投入战斗的清军数量更多，炮火更加猛烈。

打得沙俄军队龟缩城内，不敢露头。

受到重创的沙俄军队恼羞成怒，铤而走险，他们几次出城反扑，都被清军打了回去。

清军围困雅克萨城三个月，沙俄军队的损失惨重，他们的头目被击毙，死伤者占百分之九十，几乎失去了战斗力，只好又放弃雅克萨城，狼狈逃走了。

受到惨败的沙皇一看他们的两次侵略都惨遭失败，又故伎重演，慌忙派使者赶到北京，要求谈判。

康熙皇帝这才下令停止攻城。

至此，由沙俄侵略引起的两次雅克萨之战，都已清军的胜利而结束。

康熙二十八年（1689年）7月，康熙皇帝派索额图为钦差大臣，率领清朝使团和俄方代表商谈边界问题。

最终，双方在对等谈判的基础上签订了第一个中俄条约，即《尼布楚条约》，确定以额尔古纳河、格尔比齐河、外兴安岭至大海为中俄东段边界。

这肯定了黑龙江流域和乌苏里江流域的广大地区都是中国领土。
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